Khu vực Bercy có con người sinh sống từ năm 4500 trước Công Nguyên. Năm 1990, khi xây dựng công viên Bercy, những chứng tích của một ngôi làng thời kỳ Đồ đá được tìm thấy ở đây: hàng ngàn vật dụng hàng ngày, và đặc biệt là ba thuyền độc mộc gỗ sồi hiện nay được trưng bày ở bảo tàng Carnavalet.

Thế kỷ 12, lần đầu tiên cái tên Bercy hay Bercix xuất hiện trên giấy tờ của chủ nhân khu vực này. Bercy thuộc sở hữu của dòng họ Montmorency trước khi nhượng lại cho dòng họ Malons. Thế kỷ 17, một lâu đài được xây dựng ở Bercy, do kiến trúc sư Louis Le Vau thiết kế, thay cho trang viên cũ. Cũng vào thời gian đó, nhiều quý tộc xây dựng các dinh thự dọc theo bờ sông Seine. Cho tới khi tuyến đường sắt Paris-Lyon được xây dưng, nhiều công trình ở đây bị phá bỏ.

Trước năm 1860, Bercy vẫn là một xã nằm ngoài Paris. Không nằm trong vùng kiểm soát của cảnh sát thành phố, Bercy là một khu vực tệ nạn, cũng là một địa điểm vui chơi với các quán rượu, hàng ăn bên bờ sông. Bercy còn có chợ rượu vang lớn với các nhà kho, hầm rượu. Các hoạt động buôn bán rượu vẫn còn tiếp tục cho tới giữa thế kỷ 20.

Khoảng cuối thế kỷ 20, khu phố Bercy thực sự thay đổi. Nhiều công trình quan trọng được quyết định xây dựng ở đây. Cung thể thao Bercy mở cửa năm 1979. Từ năm 1993 tới 1997, công viên Bercy được cải tạo trên vị trí các kho rượu cũ. Khi Tổng thống François Mitterrand cho cải tạo lại Louvre, Bộ Kinh tế, Tài chính và Công nghiệp chuyển về trụ sở ở khu vực này. Năm 1998, tuyến tàu điện ngầm mới số 14 cũng mở hai trạm ở Bercy. Các kiến trúc sư vẫn giữ tinh thần trước đó của khu phố, Bercy được dành cho thương mại và giải trí.